La universidad del Sinú ha establecido seis Ejes Estratégicos que se han determinado en el Plan de Desarrollo 2009 – 2014.

En este sentido los ejes que integran la etapa de formulación estratégica, para este nuevo período de consolidación académica y administrativa, desarrollos investigativos con impacto social e inserción en las políticas de internacionalización establecidas para la universidad, son:
 
Eje 1. Fortalecimiento de la Calidad Académica.
Eje 2. Investigación, Nuevas tecnologías y Transferencias de conocimientos.
Eje 3. Proyección Social y Extensión.
Eje 4. Fortalecimiento y Consolidación de Bienestar Universitario.
Eje 5. Internacionalización.
Eje 6. Modernización Administrativa y Fortalecimiento Financiero.
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